Terbukti bahwa bahwa apel yang dibiakkan secara in vitro mengandung senyawa fenol yang dapat mencegah kanker dan menunjukkan aktivitas antioksidan.
Fitokimia fenol yang utama dalam apel adalah kuersetin, epikatekin, dan prosianidin B2.
Biji apel sedikit beracun karena mengandung sedikit amigdalin, sejenis glikosida sianogen. Akan tetapi, racun ini tidak cukup berbahaya bagi manusia.***