1. Peristiwa PKI (1965-1966)
Pembunuhan 30 jendral dalam peristiwa 30 September 1965 (G30S/PKI), pemerintahan Orde Baru menuding peristiwa ini disebabkan PKI.
2. Penembakan Misterius (1982-1986)
Peristiwa penembakan misterius alias operasi clurit merupakan operasi rahasia masa pemerintahan Presiden Soeharto.
3. Tragedi Talangsari
Pada masa Presiden Soeharto mengadakan program Pedoman Penghayatan dan Pengalaman Pancasila. Tragedi ini terjadi di Lampung pada 7 Februari 1989. Dalam tragedi ini ada sekitar 130 orang yang tewas dan 229 dianiaya.
4. Tragedi Rumoh Geudong, Aceh (1989-1998)
Peristiwa ini merupakan peristiwa penyiksaan yang dilakukan oleh aparat TNI terhadap masyarakat Aceh semasa konflik di Aceh.
5. Pembunuhan Marsinah