Kemudian Wakil Sekretaris NCB-Interpol Indonesia (2007-2009), Direktur Badan Narkotika Nasional–BNN (2009–2012) berpangkat Brigadir Jenderal hingga Deputi Pemberantasan Narkotika BNN berpangkat Inspektur Jenderal (2012-2013).
Selama di Polri, Benny Mamoto juga pernah mendapatkan tugas-tugas di luar negeri.***