Takefusa Kubo sudah menarik perhatian sejak ia masih belia saat bergabung dengan akademi pemain muda Barcelona, La Masia di usia 10 tahun.
Empat tahun di Spanyol, Kubo kembali ke Jepang pada musim panas 2015, bergabung dengan akademi pemain muda F.C.Tokyo.
Kubo menjalani debut profesionalnya bersama F.C.Tokyo U-23 pada 5 November 2016 di kasta ketiga Liga Jepang melawan AC Nagano Parceiro.
Kubo mencetak rekor sebagai pemain termuda sepanjang sejarah J.League karena sudah tampil saat berusia 15 tahun, 5 bulan, dan 1 hari.
Pada 15 April 2017, Kubo mencatatkan diri sebagai pencetak gol termuda sepanjang sejarah J.League di usia 15 tahun, 10 bulan, 11 hari.
Ia mencetak gol melawan Cerezo Osaka U-23 pada laga J3 League. Pada bulan Mei tahun itu, Kubo menjalani debutnya di tim senior F.C.Tokyo melawan Hokkaido Consadole Sapporo.
Kubo juga sempat dipinjamkan ke tim J1 League lainnya, Yokohama F. Marinos, selama setengah musim.
Total, Kubo bermain 34 kali untuk F.C.Tokyo U-23, 30 kali untuk F.C.Tokyo, dan 6 kali untuk Yokohama F. Marinos di semua ajang selama di Liga Jepang.