Kemudian pada era reformasi tahun 1998, Dharma Wanita melakukan perubahan mendasar.
Muatan politik dari pemerintah dihilangkan, sehingga Dharma Wanita menjadi organisasi sosial kemasyarakatan yang netral dari politik, independen dan demokratis.
Nama Dharma Wanita kemudian berubah menjadi Dharma Wanita Persatuan.
Kata Persatuan ditambahkan sesuai dengan nama Kabinet Persatuan Nasional yang saat itu berada di bawah kepemimpinan Abdurrahman Wahid.
Tak hanya penambahan kata Persatuan, Dharma Wanita juga berubah menjadi organisasi yang mandiri dan demokratis.
Organisasi Dharma Wanita menjadi organisasi istri PNS yang memiliki peran strategis untuk meningkatkan peran perempuan terutama dalam melakukan pengawasan dan pembinaan pola asuh serta tumbuh kembang anak.
Hal tersebut diilakukan agar generasi penerus bangsa dapat terhindar dari hal-hal bersifat negatif.
Pada tanggal 6-7 Desember 1999 diselenggarakan Musyawarah Nasional Luar Biasa (Munaslub) Dharma Wanita.